國際上對醫療服務和醫療保險籌資廣泛採取“一體兩翼”的管理體制，由大衛生部門既管醫療機構，又管醫療保險資金償付。我國的新農合制度也採取這樣的制度安排，在滿足醫療服務需求和控制醫療費用之間取得了良好的平衡，以非常低的籌資水平，緩解了農民民眾看病就醫的經濟風險問題，效率較高。一定要堅持和弘揚這一管理體制的優勢，通過有效兼顧供需雙方的要求，嚴格控制費用上漲，使新農合基金髮揮更大效益，讓農民民眾儘可能多地得到實惠，展示制度的優越性。
第三，準確把握醫療服務體系和藥品供應保障體系之間的關係，努力推進基本藥物制度。從醫學規律和治病救人的需要看，醫療服務體系與藥品供應保障體系之間密不可分，藥品是醫療服務的重要工具和手段，也是醫療服務的重要內容。醫療服務是藥品使用的載體。從國際經驗來看，臨床藥學的發展充分證明醫離不開藥，藥更離不開醫，醫和藥在技術和臨床服務上的結合越來越緊密。醫改檔案中提出，健全醫療服務體系和藥品供應保障體系，其宗旨和目標是一致的，都是為了攻克疾病，改善健康。醫藥分開，其實質和內涵是指切斷醫療機構與藥品銷售之間的經濟利益聯繫，逐步取消以藥補醫的舊機制，建立發展醫療服務的良性新機制，增加公共投入，使發展衛生事業的責任回歸到政府和全社會，而不是由得了病的患者——這一需要社會幫助的人群通過多支付藥品加成來支持衛生事業發展。因此，中央提出建立國家基本藥物制度，實行零差率銷售基本藥物，首先在城鄉基層醫療衛生機構實行。為保證基本藥物制度的完整性和實施效果，必須從保證生產、提高質量、促進流通、控制價格、合理使用、增加報銷、完善補償等環節銜接政策，統籌推進，才能達到便民利民惠民的良好結果。
建立基本藥物制度，不僅要從減輕民眾醫藥負擔的角度來理解，更要從維護和促進中華民族健康素質的高度來認識。受利益驅動和技術水平等多種因素的影響，我國藥物不合理使用狀況十分嚴峻，尤其是抗生素不合理使用問題突出，這不僅造成衛生資源的極大浪費，而且危害民族健康。因此，要下決心把基本藥物制度建立起來，還要鞏固完善。當前，尤其要抓好基本藥物配備使用、零差率銷售和提高報銷比例等環節，讓人民民眾切實感受到實施基本藥物制度帶來的積極變化，民眾才能更加擁護這項制度。
三、全力做好今年的重點衛生工作
XX年是全面推進醫藥衛生體制改革承上啟下的關鍵一年，做好今年的衛生工作，對於實現醫藥衛生體制改革近期目標、圓滿完成“xxx”規劃目標至關重要。今年衛生工作的總體要求是：緊緊圍繞中心，服務大局，全面貫徹落實《醫改意見》和中央經濟工作會議精神，將深化醫藥衛生體制改革作為衛生系統的中心工作，積極推進衛生事業科學發展。
（一）鞏固完善新型農村合作醫療制度。一是確保參合人數穩定在高位，參合率保持在90%以上。二是提高籌資標準。各級政府的補助水平達到每人每年120元，並適當提高個人繳費水平。三是提高補償比例。力爭使政策性住院費用報銷比例達到60%左右，比XX年再提高5個百分點。四是鞏固門診統籌工作，認真總結經驗和模式。五是保持管理體制穩定。鼓勵經辦機構利用自身資源和管理及技術優勢，面向新農合以外的更多人群提供保障服務。六是加強經辦機構的能力建設和信息化建設，規範管理、考核和監測，加強資金監管，確保基金安全。七是探索總額預付和病種付費等支付方式改革，激勵定點醫療機構改善服務，提高效率，保證質量。八是加快《新型農村合作醫療條例》制定工作，為促進新農合持續發展提供法律保障。