2、財政轉移支付中的各項專款過多，且缺乏程式化、公式化的分配辦法，隨意性較大
目前，省對下的財力性轉移支付相對而言較規範，大多設立了公式，透明度和科學性均有所提高。但專項撥款範圍過寬，幾乎覆蓋所有的支出科目；專項資金的分配使用缺乏事權依據，分配方法缺乏嚴格的制度約束隨意性大，客觀性差，容易發生“尋租行為”。同時，不穩定的專項轉移支付分配，使下級財政對上級財政的轉移支付難以準確預測，在編制年度預算時無法納入當年的財力安排，影響了預算的全面性和完整性，不利於接受人大監督。
3、轉移支付資金撥付不及時，影響了撥付進度和政策落實到位
如社會保障專項轉移支付，由於地方自身社保基金收不抵支，和自由財力不足，必須依靠上級財政專項轉移支付來提供保障，如果上級財政的專項轉移支付資金不及時到位，下級為按時兌現落實政策，除財政拿出一部分進行補組助外，大部分基金缺口需向銀行貸款解決，因此背上了沉重的債務包袱和利息負擔，加重了本級財政的困難。
4、財政轉移支付力度不夠，調節功能微弱
中央、省對下的轉移支付大部分是按分稅制以前的基數返還的稅款，不僅起不到調節地區間財力差距的作用，而且因體制中包含了過去體制中不合理的因素，在逐年滾動的過程中，不合理因素還呈逐漸擴大趨勢。目前，轉移支付辦法對一些地區的特殊因素考慮不周、考慮不足，使得省級財政向市(縣)級財政的均等化轉移支付額偏小，同時市(縣)政府基本上處於簡單的收入接收者地位，對市(縣)政府供應公共產品和服務缺乏激勵機制，無法有效地促進地方公共產品和服務的供應，不能充分調動和發揮市(縣)政府的積極性，財政均衡作用未能得到充分有效地發揮，即使在同一省份或城市，不同地區間的人均支出水平相差懸殊。
(四)財政收入征管關係有待進一步理順，體系有待進一步完善
1、國稅、地稅、財政機構分設，征管協調困難大，成本高
一是國稅、地稅分設，稅務人員分散，征管力量不足的矛盾依然沒得到有效緩解。受財政體制(即“一級政府，一級財政”)的影響，現行國稅、地稅基層征管機構基本上是按照行政區劃設定，相對有限的稅務人員隨著大量征管機構的設定，造成征管力量更加分散化。有的基層稅務所甚至只有2—3人，根本上形不成征管合力。二是國稅、地稅並行運行，稅收成本增高。除了稅務部門固定運行費用的增加外，為保持各級稅務機構正常運轉，征管成本也呈現出逐年上升的勢頭。相當比例的邊遠地區稅務所一年所徵收的稅收收入還不及保持稅務所正常運轉的稅務支出。而且，從納稅人角度講，全國90％以上納稅人往往要同時向國、地稅辦理涉稅事項，給納稅人帶來極大的不方便，也增加了納稅人的納稅成本。
2、國稅、地稅征管許可權相互交叉，地方政府難以合理組織收入
國稅、地稅各自的稅收征管範圍不僅存在納稅人的大量交叉重疊、稅種的交叉，所徵收的稅種之間更是存在著非常緊密的因果關係。兩套稅務機構圍繞各自的稅收征管範圍進行的征管活動，人為地割裂了各稅種之間的有機聯繫。國稅、地稅以組織收入為中心， “爭”、“搶”稅源，稅收流失嚴重。特別是集貿市場稅收、個體零散稅收，哪一邊徵稅少、稅負輕，就“靠”向哪一邊申報繳納，而另一邊也不可能去督促納稅人重新按規定繳納，形成稅收流失。而不易於征管地方(如邊遠地區、征管難度大的地方等)的稅收，國稅、地稅都不願意去征管，形成稅收征管“真空”，造成稅收流失。分頭徵收、多頭管理、重複檢查，使得地方政府難以有效組織收入。