一、當前存在的主要問題
（一）稅收政策方面問題按照《關於糧食企業增值稅征免問題的通知》*，凡國有糧食購銷企業銷售糧食，暫一律開具增值稅專用發票。但事實上如果購貨方取得增值稅專用發票將少抵扣進項稅額，所以多數購貨企業要求糧食企業開具普通發票或不索取發票而有自己開具收購發票。
（二）糧食企業行銷不規範，上門收購、現金交易，收購價格不穩定，稅務部門無法準確掌握其經營情況，這就給國稅部門稅收徵收管理帶來了很大困難。
（三）收購發票管理方面存在的問題
1、由於農產品收購發票是由收購者自行填開，地點不確定，涉及面廣，虛開收購發票現象普遍存在。少進多開、低進高開，擅自提高購進價格或增加購進數量，甚至將運雜費、裝卸費和一些無法取得發票的費用都計入收購價格之內，大大提高了農副產品的收購價格，造成收購發票金額超過了實際支付金額。
2、管理手段落後，由於收購發票使用量大，因此在確認收購對象時，只能一戶一戶的進行實地核查，在確認收購產品的單價、金額等方面，由於無法掌握相關信息，也就無法監督企業是否做到了賬實相符、賬賬相符、賬表相符，而這樣做即浪費人力物力，又無法查出實際問題。
二、對糧食企業稅收征管現狀的幾點建議
（一）取消國有糧食企業免稅的稅收政策，糧食經銷企業銷售差價小和進項稅按收購價低扣的原因，所有經營糧食的增值稅一般納稅人企業都是進項稅額大於銷項稅額，認定國有糧食企業免稅已無實際意義。
（二）加強對農副產品收購發票的日常管理1、農副產品收購發票的發放必須從嚴。根據企業經營規模實行按月限量發放，驗舊購新。2、嚴格執行《國家稅務總局關於加強糧食收購發票管理問題的通知》規定：“凡從事糧食收購業務的企業，在與賣糧人進行糧款結算時，必須使用稅務機關統一印製的糧食收購發票。不得以其他憑證代替糧食收購發票使用，或作為會計入賬憑證。”對會計核算不健全的企業，一律不得領用收購發票，由稅務機關代開。嚴禁跨地區使用收購發票，既堅持屬地管理的原則。（三）加大對農副產品收購企業的納稅評估力度。一是要從收購渠道上嚴格把關。要堅持必須是從農業生產者手中直接收購的農業初級產品，方可開具收購發票；其餘通過其他渠道收購的農產品一律不得使用收購發票；必須嚴格控制企業跨地區使用農產品收購發票，嚴格核查收購金額較大且同一銷售者多次銷售的情況。二是要從收購的數量及價格上進行核查。對於收購的數量，要通過實地查驗核實庫存數量與實際收購數量是否一致。三是要通過資金往來情況查找問題。農產品收購一般以現金支付為主要方式，對於企業的收購資金運動情況，可通過原始憑據和企業賬目核實企業資金往來的真實性。
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