新型的合作醫療，首先是政府角度的行政支持、資金的支持、組織的引導、宣傳發動等等，從組織管理上來說，倡導縣裡來統籌，政策上已經提出了組織的體系。從補償的範圍來說，主要是以大病發生的補助為主兼顧小病，主要是為了解決目前因病致貧、因病返貧這個農村主要的矛盾。新型合作醫療與以往的合作醫療相比，它有了不同於以往的監督機制，一方面制度監督、組織監督和審計的手段，包括農民的代表參加到管理委員會、監督委員會，另外配合的還有供方的改革。不僅僅是政府主辦的鄉鎮衛生院提供衛生服務，一些符合條件的民辦的機構、診所的也可以為農民提供合作醫療規定的這些服務。農村衛生作為政府工作，已經擺到了政府的工作日程上。儘管衛生部門是提供衛生服務的，不是保障部門，但是經過協調還是確定由衛生部門來抓，因為現在還不是社會保障，所以這項工作沒有納入社會保障。衛生部在全國農村衛生工作會議上就提出來要以新型農村合作醫療試點工作為突破口，推進農村衛生工作，要儘量抓試點工作，試點工作正在啟動當中。由此我們建議，縣委、政府應作出決策，組織有關人員到先行試點地區進行認真考察，以學習經驗吸取教訓，拿出我們的方案，再到省里千方百計爭取進入試點縣，過去的經驗證明，試點單位往往能爭取更多的國家支持。不多爭取國家補助，不把新型合作醫療體系建立起來，要想解決農民看病難問題，是很難想像的。
5，必須解決衛生資源分布不合理、“重醫輕防”問題。當前，我縣公共衛生建設中存在的基礎設施建設薄弱，公共衛生體系不健全，疾病預防控制體系能力差，應對突發公共衛生事件機制不完善，衛生執法監督工作不到位，公共衛生投入水平低等問題，從根本上說是由於政府職能轉變不到位造成的。加強公共衛生建設是政府履行公共服務職能的一項重要內容，是轉變政府職能的現實需要。加快衛生事業改革與發展，健全公共衛生體制，加強公共衛生建設，把政府職能由過去的“辦醫院”為主，轉變到加強疾病預防控制，加強公共衛生應急機制建設，加強衛生執法監督和為廣大人民民眾提供基本醫療保健服務上來，維護廣大人民民眾的醫療和健康權益。這是建立與社會主義市場經濟體制相適應的社會管理體制的內在要求和現實需要。
目前我縣在衛生資源中，政府衛生資源占90％以上，社會（民資）衛生資源占不到10％；在政府衛生資源中，又有90％以上集中在醫療單位，只有10％左右在防保領域，這種衛生資源配置畸形現象，是長期“重醫輕防”和利益驅動的結果，不利於衛生事業協調發展。特別是鄉鎮衛生院“醫防合一”，加上普遍虧損，防保人員每月僅三百元的工資也欠發，工作積極性不高。針對這個問題，我們應該按照“醫防分設，保防保，放醫療”的原則，將鄉鎮防保職能從衛生院中分離出來，在鄉鎮設立防保所，按省里規定的五千分之一比例招聘防保員，經費按每
人每年不低於8000元標準補助，並列入縣財政預算。在每個村聘用一名兼職防保員，縣財政每人每年補助1200元，逐步形成以市疾控中心為龍頭，縣疾控中心為骨幹，鄉鎮防保所為基礎，村級防保員為網底的四級防保體系。