（三)調處責任不夠明確，難於形成合力
根據相關法律法規和上級有關規範性檔案的規定,負責“三大糾紛”調處具體工作的調處機關包括鄉（鎮）政府、土地主管部門、林業主管部門和水利主管部門。其中，鄉（鎮）政府負責轄區內的土地山林權屬糾紛調處；土地主管部門負責跨鄉（鎮）和涉及農林場土地權屬糾紛調處；林業主管部門負責跨鄉（鎮）和涉及農林場山林權屬糾紛調處；水利主管部門負責轄區內的水利權屬糾紛調處；調處辦負責“三大糾紛”調處的組織協調，指導督促工作。但是，在實際工作中，絕大多數的“三大糾紛”壓到鄉（鎮）政府、司法所和調處辦調處。這是極不正常的現象，如果不從根本上改變這種極不規範的混亂局面，規範調處秩序、建立調處長效機制將成為一句空話。此外，還有同一起案件的調處工作往往出現多頭調處、交叉調處、重複調處，造成部門職能不清，責任不明現象。如xx區四塘鎮富聯村賴測屯與xx縣xx鎮那音村八冬屯的土地山林權屬糾紛案，先是由林業部門牽頭調處，後到國土資源部門牽頭調處，現由調處辦負責調處。
（四）積案調解率低，調處難度大
xx市位於xx西部，地處祖國西南邊陲，北與貴州省接壤，西與xx省毗鄰，東與xx、xx市相連，南與越南交界。市內每個縣（區）都與兩個縣（區）以上相依，發生“三跨”糾紛數量可想而知。由於大多數“三跨”糾紛歷史久遠，地界不清，地址不明，無證書，無統一圖表，而且各地政府出面參與調處的人員，都站在本地老百姓一邊，為當地老百姓說話，寸土不讓，因此，難調查取證，難協調處理，造成大量積案久拖未結，給社會安定團結、和諧穩定留下隱患。
（五）系統培訓滯後，調處質量有待提高
由於xx市各級政府對調處人員的業務培訓從未系統的進行培訓，再加上“三大糾紛”多，調處人員自學不夠，造成調處隊伍整體業務素質跟不上調處工作的需要。一是一些調處人員在“三大糾紛”調處工作中存在著不嚴格按照《調處條例》規定的具體步驟、時限辦案，工作中存在隨意性。二是一些調處人員對案件的調查、處理不知如何入手，就是簡單召開幾次調解會議，調解不成之後就報請政府裁決。但由於所收集的材料過於粗糙，又不能憑這些材料作出裁決，結果又要重新調查，反反覆覆地兜圈子，致使案件一拖再拖。
（六）保障嚴重不足，影響調處職能的發揮
一是辦案經費嚴重不足。根據有關規定，“三大糾紛”調處是不收費的，其工作保障經費和調處人員的補貼經費由財政解決。但在實際工作中，很多縣（區）特別是經濟欠發達縣的財政比較吃緊，本身的工作經費都很難解決，根本無法保證調處工作的運轉經費，在一定程度上影響了調處辦和有關職能部門的職能發揮。就xx市調處辦而言，一年的辦案經費也僅僅安排15萬元，根本無法保證調處工作的正常運轉。二是辦公條件有待改善。目前，xx市調處辦僅有3間辦公室、7個公文櫃、5台電腦、5台電話機、2台雷射印表機、1台數碼錄像機和1台掃瞄器，其他諸如會議室、接待室、檔案室、彩色印表機、數位照相機、海拔儀、複印機等基本辦公設備都沒有。原有的辦公設備也都已經陳舊，影響了調處工作的正常開展。三是交通工具缺乏。xx市調處辦原有一輛越野車，但已報廢。近年來，只能租用私車辦案，每天租金300元左右，費用很高，對工作開展極為不便。
（七）複議抗訴案件增多，加重了當事人經濟負擔
xx市各級政府對於一些久拖不決，沒有協商餘地的“三大糾紛”，根據調處有關條例規定，果斷地制發了處理決定書，但隨之而來的行政複議和行政訴訟案件也增多起來，95%的案件都要進行行政複議和行政訴訟。由於受理行政複議和行政訴訟的工作人員，對政策和法律的理解不一致，所持的觀點不同，致使一些案件多次反覆處理。一些當事人存在勢在必得的心理，不得不到處借錢或賣牛賣馬，托人找關係，給當事人在財力、物力和精力上帶來大的消耗。此外，還有一些代理律師不講職業道德，多次從當事人手中斂財，更加重了當事人的經濟負擔。一場官司打下來，當事人幾乎傾家蕩產。
（八）相互溝通不夠，造成案件反覆處理
目前，xx市一些“三大糾紛”之所以反覆進行處理仍未能得到解決，主要是上、下級政府及法院、有關職能部門平時溝通不夠，因而造成了你處理你的糾紛，我判我的案件，相互扯皮，給當事人無所適從。
（九）缺乏責任追究制度，難以觸動依法嚴格履行職責
在目前的“三大糾紛”調處體制中，儘管相關法律法規和有關“紅頭檔案”都多多少少規定有調處責任，但是，在實際工作中沒有真正實施，甚至有些調處辦負責人和有關職能部門負責人根本沒有調處責任意識。如各級政府和有關職能部門每年年初與上級機關簽訂的目標管理責任狀，沒有一個單位把“三大糾紛”調處任務列入目標管理責任狀，更談不上年終不完成任務追究責任或實施獎懲問題。再有，對糾紛案件久拖不決、各種原因辦錯案的也從來沒有追究過相關人員的責任。如不認真解決這一問題，將難以觸動調處辦和有關職能部門依法嚴格履行職責。