除“執行難”、“執行亂”等長期難以解決的問題外，執行體制及工作機制改革還需解決執行權的定位、性質、執行檢察監督等理論問題。執行權可分為執行裁決權與執行實施權，前者屬於審判權範疇，後者具有行政權的性質。執行權由法院行使並無不妥，但從效率方面考慮，其定位和歸屬並非不可討論。關於民事執行的檢察監督，仍需進一步研究。總體上，執行權的最佳化配置不僅需要符合司法規律，更要能夠解決實際問題，應針對執行工作中存在的問題進行深入研討，推動改革朝著正確的方向邁進。
——再審的職權最佳化配置。出台《關於受理審查民事申請再審案件的若干意見》，旨在規範法院處理相關案件的工作流程，細化再審程式，強調提審優先。這是對《民事訴訟法》再審程式修改和相關司法解釋的細化。為應對申訴、信訪湧向高級別法院和民事申請再審案件上提一級所帶來的立案壓力，最高人民法院立案庭分設為立案一庭、立案二庭，一庭負責受理申訴、涉訴信訪案件和一般立案工作，二庭專門負責審查再審申請。內部機構及分工調整便於通過分類管理最佳化立案工作機制，並可能對下級法院形成示範。總體上，再審程式的改革有限，實質只是先前改革的延續和部分的機制完善，而且諸如限制以相同理由再次申請再審等規定還引發了一些爭議。
再審涉及法院與檢察院、上下級法院及法院內部的職權配置，其制度設計應堅持在維護司法終局性的基礎上有限糾錯。再審程式的改革仍有較大空間，如法院依職權啟動再審的權力應當取消，當事人申請再審徹底改造為再審之訴，進一步明確再審標準等。近年來幾乎未動的刑事再審制度亦需在啟動主體、事由、程式等方面進行完善。當前處於矛盾多發的社會轉型期，司法公信力不足，可適當強調再審的依法糾錯功能，但長遠而言更應注重保障司法的終局性，將再審定位於非常情況下的特殊救濟，有些無害之錯可以忽略，而一般性糾錯交由審級制度完成。當然，審級制度也必須進行重大改革。
——最佳化職權配置的地方探索。各地法院積極探索內部職權的最佳化配置。例如，成都市中級人民法院建立審判權與審判管理權的制約監督機制，以案件流程管理為主線，運用信息化等手段，形成點、線、面相結合的“兩權”運行模式。該項改革一定程度上規範了審委會、院長、庭長、合議庭、法官的職責，有利於解決審判權與審判管理權定位不明、許可權不清、職責錯位、機制缺失等問題。又如，各地法院積極探索環保審判。自貴陽市設立環境保護審判庭以來，無錫、昆明、玉溪等地法院相繼效仿。底，雲南召開全省法院環境保護審判庭建設及案件審理座談會，制定了環保案件“審判指南”，將環境公益訴訟主體拓展為“檢察院及在我國境內經過依法登記的、以保護環境為目的的公益性社會團體”。而貴州清鎮法院受理中華環保聯合會訴清鎮國土局的環境行政公益訴訟，開創了社團提起公益訴訟的先河。環境保護審判庭的設立，特別是公益訴訟原告資格的放寬，有利於推動環境司法保護，促進民眾參與司法。
法院職權的最佳化配置，縱向涉及上下級法院的關係，橫向涉及不同地域法院的管轄權安排，法院內部涉及不同機構和人員之間的職責劃分。應合理界定職權，建立以審判權為中心，分工合理、職責明確、制約平衡的法院權力結構，形成配置科學、運行順暢、公開透明的司法工作機制。這項改革任務相當艱巨，改革阻力主要來自於法院自身，如上下級法院關係的調整主要以上級法院放棄對下級法院的諸多權力為前提，法院內部審委會、院長、庭長、合議庭、審判長、法官、法官助理、書記員、管理人員、輔助人員之間的職責劃分須以限制“領導”的權力為基礎，因此，只要法院系統尤其是最高人民法院下定決心，完全有可能逐步實現法院職權的最佳化配置。